Ça me semble à peu près normal car le chemin indiqué correspond à un dossier système.
En principe, quand on télécharge, on indique un emplacement de téléchargement (dossier "Téléchargement" ou "Download" ou carrément sur le bureau), on n'a pas à aller chercher dans les dossiers système (qui sont protégés).
Par ailleurs, il me semble plus simple de télécharger un "exécutable" qui s'auto débrouillera pour l'installation plutôt qu'une archive "zippée"
Le lien (pour Windows) pour le téléchargement : http://sourceforge.net/projects/jmri/files/production%20files/JMRI.3.8-r26527.exe/download